Организационната структура на „Медицински център II Бургас” ЕООД е утвърдена от Управителя и е съобразена с изисквания на Закона за лечебните заведения и другите нормативни актове, действащи в страната.

Извършват се високоспециализирани изследвания: доплерово изследване на съдовете, вело–тест на сърдечно-съдовата система, аудиометрия, непрекъснат 24-часов запис на АН (холтермониториране).

Клиничната лаборатория е оборудвана с най съвременна апаратура и в нея се извършва пълен обем хематологични, имунологични, биохимични и микробиологични изследвания , по договор с НЗОК, резултатите,от които могат да се получат и Онлайн. Участва в система за външен „контрол на качеството” на изследванията. Звеното за Образна диагностика разполага с апаратура с дигитализиран съвременен рентгенов апарат и ехографски апарат за ултразвукови изследвания на коремни органи, щитовидна жлеза, млечни жлези и др. Притежава необходимите лицензии за работа.

Звеното по Физикална и рехабилитационна медицина разполага с апарати за: Магнитотерапия, Ултразвуков терапевтичен апарат, Апарат за високочестотна терапия, Апарат за микровълнова терапия, Апарат за нискочестотни и интерферентни токове, Галваностат, Бипулсатор, Кварцова лампа и Кабинет по лечебна физкултура.